当袁世凯败亡之初，南方阵营因为讨袁目的已达，对北京政府表示了一定的支持，而刚刚掌握北京政府权力的段祺瑞亦为拉拢南方巩固自身势力起见，在政治上作出惩办帝制祸首、废除袁记机构法令等一系列姿态，南北双方之间因讨袁而形成的剑拔弩张的对峙局面一时有了较大的缓解。在宣布恢复旧约法、召开旧国会前后，北京政府先后下令撤销陆海军大元帅统率办事处、京畿军政执法处，废除各省将军、巡按使名号，改称督军、省长；释放因反袁及反帝制被关押的政治犯；解禁因反袁及反帝制被查封的报纸；废止与帝制有关的《颁爵条例》《惩办国贼条例》《文官官秩令》等法令；惩办杨度、孙毓筠、梁士诒、周自齐等帝制祸首（实际因他们已逃离北京而使惩办流为空谈）等。
除了恢复旧约法及旧国会之外，南方阵营还看重北京新内阁之组成，因为这关系到新的权力格局与权力分配问题。6月29日，黎元洪任命段祺瑞为国务总理，对此南方阵营未表异议，因就实力、资历和人望而言，段祺瑞实为不二人选。但对于新阁的组成，南方阵营有自己的考虑，并与黎元洪、段祺瑞进行反复商讨。应该说，在挑选新阁人选方面，段祺瑞作了相当让步，在最后成立的新内阁阁员中，除了国务总理兼陆军总长段祺瑞外，前国民党系有四人（外交总长唐绍仪、财政总长陈锦涛、司法总长张耀曾、海军总长程璧光），前进步党系有三人（内务总长孙洪伊、教育总长范源濂、农商总长谷钟秀），而接近于北洋系的只有交通总长许世英一人。尽管内阁总长的实际权力受到实力派军人的牵制，而且段祺瑞以其北洋派系为基础基本掌控了内阁的施政大权，但此次内阁的组成还是在一定程度上体现出讨袁胜利的成果，与以往北洋系成员包揽内阁总长的状况有了一定的区别，或多或少又有了民初“混合内阁”的影子。8月1日，旧国会参众两院如期在北京复会。21日和23日，众议院和参议院先后以绝对多数通过追认段祺瑞为内阁总理案，9月1日和4日又以绝对多数先后通过内阁阁员名单，10月30日选举冯国璋为副总统（仍兼江苏督军，在南京任职，未至北京）。至此，袁世凯死后北京中央政权的改组善后工作告一段落。