一、有的常委委员提出，草案二次审议稿第一条中规定“保卫中华人民共和国人民民主专政的政权和社会主义制度，保障改革开放和社会主义现代化建设的顺利进行”，这些内容可在制定新国家安全法时统盘考虑，建议将本条修改为“为了防范、制止和惩治间谍行为，维护国家安全，根据宪法，制定本法。”法律委员会经研究，建议采纳这一意见。（草案建议表决稿第一条）
二、草案二次审议稿第二条对反间谍工作的原则作了规定，根据一些常委委员的意见，法律委员会经研究，并同有关部门沟通，建议修改为“反间谍工作坚持中央统一领导，坚持公开工作与秘密工作相结合、专门工作与群众路线相结合、积极防御、依法惩治的原则”。（草案建议表决稿第二条）
三、草案二次审议稿第四条第二款、第三款分别对各有关方面维护国家安全的义务作了规定。有些常委委员建议突出反间谍方面的要求，将其中“维护国家安全的义务”修改为“防范、制止间谍行为，维护国家安全的义务”，将“防范、制止危害国家安全的行为”修改为“防范、制止危害国家安全的间谍行为”。法律委员会经研究，建议采纳这一意见。（草案建议表决稿第四条）
四、草案二次审议稿第十条规定，国家安全机关的工作人员依法执行任务时，可以进入有关场所，查看、调阅有关的档案、资料、物品。有的常委委员建议，在可以进入有关场所后增加“单位”，并将“查看”“调阅”修改为“查阅”“调取”。法律委员会经研究，建议采纳这一意见。（草案建议表决稿第十条）