第三，改革支付方式，建立科学的医疗支付制度。公立医院改革要与医保体系有效衔接和协同发展。支付制度是推动分级诊疗，影响医院和个人行为的最重要因素。在实现医保付费总额控制的同时，加快推进以按人头、按病种付费等为主要内涵的支付方式改革，科学确定付费标准，建立医保机构和医疗机构之间谈判协商机制和风险分担机制，加强医保机构对医疗服务行为的监督和制约。
第四，加强依法行政，建立规范的医疗监管体系。政府对公立医院监管的目的，一是实现政策目标，确保公立医院公益性；二是强化管理机制，确保医疗服务中的质量、安全和绩效。要加快医疗卫生和基本健康权益立法。
第五，完善法人治理机制，建立现代医院管理体制。完善公立医院法人治理机制，科学界定政府和公立医院在人事、资产、财务等方面的责权关系，建立决策、执行、监督相互分工、相互制衡的权力运行机制。建立健全公立医院理事会和监事会制度，探索实行理事会领导下的院长负责制，完善院长选拔任用制度；建立任期目标管理和问责机制；建立适应行业特点的薪酬制度；建立现代医院质量管理模式，重点规范医疗行为。[16]