南宋第二个阶段是理宗以后，即1224年到1279年，这是南宋衰亡阶段。奸相史弥远、丁大全、贾似道等把持大权，朝政腐败已极，“中兴”难再。北方蒙古族兴起，1234年，南宋与蒙古联合灭金。接着是蒙古与南宋的斗争，1279年，南宋灭亡。
就整个宋代文化发展来说，一变于仁宗朝，再变于孝宗朝，三变于“中兴四朝”的结束。仁宗庆历年间与孝宗乾、淳之际是两宋文化最为壮观的时段。
宋代文化不是前朝文化的余绪，不是简单地沿着唐、五代文化的长河向前发展。唐、五代文化孕育的新的因素，经历宋代太祖、太宗、真宗三朝躁动之后，到了仁宗朝，终于破土而出。中国两千年封建文化经历一次更新，文化上“丕变”，各个文化领域内受到了震荡，出现了新的因子，展现出新风貌，体现出新特征，难怪国外学者把宋代理学称为新儒学（New Confucianism）。皮锡瑞在《经学历史》中说宋代经学进入了“变古”阶段，可以说，“变古”二字，是宋代经学的特征，也是宋代文化的基本特点。