袁崇焕对毛文龙的这些不法情况了如指掌，而且，这位有道德洁癖的忠臣在还没有正式接触毛文龙前，就已经定下了应对之策。还在京城期间，阁臣钱龙锡和袁崇焕谈天，问及如何处理和毛文龙的关系，袁崇焕脱口而出：可用则用之，不可用则杀之——作为全权处理辽东事务的最高指挥官，袁崇焕在赴任之前就画地为牢式地定下了对付毛文龙的简单处理方法。不难看出，驱使他这样做的，当然不是个人私利，而是个人的道德好恶。他看不惯毛文龙的骄横不法，更看不惯毛文龙对朝廷诏命的阳奉阴违。但无论如何，毛文龙罪不致死，更何况，大敌当前，毛文龙也算是独当一面的方面大员。如此草率地加以戮杀，袁崇焕何其失策也。
果然，袁崇焕到任后，和毛文龙关系极为紧张。他首先派官员到皮岛对毛文龙的经济进行审计，接着又宣布海禁，不许商船径直开往皮岛。这第二招颇为毒辣，其直接后果就是毛文龙原本十分丰厚的税收从此颗粒无收。毛文龙当然不愿就此服输，他多次上书崇祯诉苦，但崇祯态度含糊，不肯表态。奏章中，毛文龙悲愤地说：诸臣独计除臣，不计除奴，将江山而快私忿，操戈矛于同室。以后发生的一系列变故证明，毛文龙这一介武夫的激愤之语并非虚妄之词，只是那时的变故，不仅毛文龙看不到，袁崇焕也看不到了。