第二天，“二陈汤”中的四川都督陈宦也宣布取消独立，并且致电北京国务院，但是陈宦却没有像陈树藩那样博得段祺瑞的好感。因为陈宦这样做，是受到黎元洪的策士金永炎、哈汉章等人的劝诱，陈宦只道是黎元洪当了大总统，所以为了讨好黎元洪，也没有和护国军方面联系，就通电取消独立。可是陈宦并不知道，黎元洪不过是一个光杆司令，北京城里吐口唾沫是个钉的人是段祺瑞，陈宦这种讨好黎元洪的做法最让段祺瑞不舒服。而且陈宦素来和段祺瑞没有什么交情，倒是和北洋系的另一个大佬冯国璋来往密切，段祺瑞对陈宦的不满就可想而知。所以陈宦宣布四川取消独立以后，段祺瑞并没有指派他为四川将军并督理军务，这样一来陈宦就陷入尴尬的境地，他已取消独立，但北京政府也不给予他任命，一时陷入两难的境地。
段祺瑞把陈宦晾在一边以后，就着手处理北京政府的事情，他首先于6月10日裁撤了陆海军大元帅统率办事处，这个名称冗长啰唆的机构是袁世凯以总统身份抓军权之后设立的，当初段祺瑞与袁世凯关系僵化就缘于此，袁世凯在世时段祺瑞曾多次试图裁撤这个机构都未能如愿，如今黎元洪当上总统，段祺瑞更加不能让这个机构存在下去。