第二天,“二陈汤”中的四川都督陈宦也宣布取消独立,并且致电北京国务院,但是陈宦却没有像陈树藩那样博得段祺瑞的好感。因为陈宦这样做,是受到黎元洪的策士金永炎、哈汉章等人的劝诱,陈宦只道是黎元洪当了大总统,所以为了讨好黎元洪,也没有和护国军方面联系,就通电取消独立。可是陈宦并不知道,黎元洪不过是一个光杆司令,北京城里吐口唾沫是个钉的人是段祺瑞,陈宦这种讨好黎元洪的做法最让段祺瑞不舒服。而且陈宦素来和段祺瑞没有什么交情,倒是和北洋系的另一个大佬冯国璋来往密切,段祺瑞对陈宦的不满就可想而知。所以陈宦宣布四川取消独立以后,段祺瑞并没有指派他为四川将军并督理军务,这样一来陈宦就陷入尴尬的境地,他已取消独立,但北京政府也不给予他任命,一时陷入两难的境地。
段祺瑞把陈宦晾在一边以后,就着手处理北京政府的事情,他首先于6月10日裁撤了陆海军大元帅统率办事处,这个名称冗长啰唆的机构是袁世凯以总统身份抓军权之后设立的,当初段祺瑞与袁世凯关系僵化就缘于此,袁世凯在世时段祺瑞曾多次试图裁撤这个机构都未能如愿,如今黎元洪当上总统,段祺瑞更加不能让这个机构存在下去。