1944年8月，尼米兹命令美国第3舰队司令哈尔西从南太平洋北上，接替斯普鲁恩斯指挥中太平洋舰队，并计划参加即将到来的对菲律宾的进攻。为了给进攻菲律宾的部队准备前进基地和后勤供应基地，哈尔西的部队要在1944年9月15日拿下加罗林群岛西部的帛琉群岛，占领帛琉群岛和马里亚纳群岛之间的犹里斯珊瑚岛。
9月间，根据尼米兹的命令，第5舰队、第5两栖作战部队司令和地面部队指挥官分别由哈尔西、西奥道、威金逊和盖格担任，同时第5舰队改称第3舰队。海军中将米彻尔仍然指挥快速航空母舰特混舰队，其番号由“第58”改为“第38”。
1944年9月初，美国第3舰队司令哈尔西在他的旗舰“新泽西号”上与第38特混舰队会师，并开始对菲律宾中部进行空袭，以便对即将进行的进攻摩罗泰岛和佩列流岛给予战略支援。空袭结果令人满意。
1944年9月15日，美国西南太平洋部队和中太平洋部队协同一致，对日军控制的2个岛屿摩罗泰和佩列流发动进攻。西南太平洋的第7两栖作战部队越过了重兵防守的哈马黑拉岛，运载2.8万名部队，突然袭击，一举攻下了摩罗泰岛。岛上日本守军几百人仓皇逃入山中。