为了表彰诸将在这次讨逆行动中的英勇表现，司马绍在战后进行了论功行赏。首要功臣太保王导被加封为始兴公，领司徒一职，谋士温峤加封为建宁公，领前将军。而及时赶来救驾的苏峻被封为邵陵公，领冠军将军，同时调任统帅禁军的郗鉴为兖州刺史，领车骑将军，出镇广陵，都督徐、青、兖三州诸军事。顺带司马绍还追封了一些因王敦叛乱而为国捐躯的朝中重臣，如周伯仁、戴渊、谯王、郭璞等人。
同时，司马绍也看出了荆州势大，日后恐再成危及朝廷的隐患，将原本的荆州一分为二。由征西大将军陶侃担任荆州刺史一职，另派温峤领江州刺史（从原荆州分离出来的），原先逆贼王敦所委派的荆州刺史王舒因投诚有功，改封为会稽内史。在老上司刘弘阔别人世多年后，陶侃终于应了刘弘当日所言——“在我之后，你必然会做这荆州刺史。”当然，陶侃的好运气绝不会止步于此。