眼下，杨嗣昌虽守孝不过一年多，可国家又急需人才，崇祯皇帝经过认真考虑，仍然决定由他来任兵部尚书这一职务；虽然他明知道在理学高调风气甚嚣尘上的气氛围里，朝臣们一定会激烈反对的。
但不管怎样，这一重大的人事安排得以落实，崇祯也就舒了一口气，为此他还专门在平台召见了卢象升，对其多有诲谕和嘉勉，而杨嗣昌要隔年三月才能赴任，不过对其任命的诏书却早已经发出。
可是，他却又一次接到了工部侍郎刘宗周的奏疏。当初，他任工部侍郎还不到一个月，就献上了一份《痛愤时艰疏》，其疏文的大意是对崇祯及朝廷的整个一系列内政与外交政策就行批评并提出了改进的建议。崇祯当时很恼怒，先后四次谕令温体仁等拟写措词严厉的诏书，每一次拟好呈上来后他都认真地反复阅读，如此一来，他的怒气也竟慢慢地消了，仔细一想，刘宗周也实在是对自己很忠心，否则他不会提出如此忠恳的意见。于是，他便只是下诏责问了几句，而且还褒奖他的清正廉洁。